假面骑士X假面骑士Ghost&Drive超MOVIE大战Genesis故事讲述两个假面骑士在追赶共同的敌人·眼魔时，突然掀起了时间和空间的扭曲，两人被带到了10年前的世界。在那里，进之介与相识之前的腰带先生，被眼魔杀死的亡父的身影……。
另一方面，由于过去的“异物”闯进的影响，之前被假面骑士Drive消灭的Roimyudo全部复活了。假面骑士Spector，假面骑士Mach，和为保护重要东西的假面骑士Chaser也出现，他们拼命阻止,不过，Roimyudo的力量还在不断增强。如果两人不返回现代，那么人类将面临巨大的危险。可是武发现夺走父亲生命的魔爪正在逼近，过去留有拯救父亲的决心。是那个从眼魔之手复苏的「世纪的大天才=莱奥纳多·达·芬奇设置的"圈套"不知…。
成为最强的敌人的“伟人·英雄”超越了时空，引起世界的大事件！
