假面骑士X假面骑士Ghost&Drive超MOVIE大战Genesis故事讲述两个假面骑士在追赶共同的敌人·眼魔时,突然掀起了时间和空间的扭曲,两人被带到了10年前的世界。在那里,进之介与相识之前的腰带先生,被眼魔杀死的亡父的身影……。
另一方面,由于过去的“异物”闯进的影响,之前被假面骑士Drive消灭的Roimyudo全部复活了。假面骑士Spector,假面骑士Mach,和为保护重要东西的假面骑士Chaser也出现,他们拼命阻止,不过,Roimyudo的力量还在不断增强。如果两人不返回现代,那么人类将面临巨大的危险。可是武发现夺走父亲生命的魔爪正在逼近,过去留有拯救父亲的决心。是那个从眼魔之手复苏的「世纪的大天才=莱奥纳多·达·芬奇设置的"圈套"不知…。
成为最强的敌人的“伟人·英雄”超越了时空,引起世界的大事件!