《黑礁》讲述了一个关于暴力和生存方式的故事。冈岛绿郎原本是日本第一商社“旭日重工”的年轻员工，受过良好的教育，性格温和，知识丰富。在一次乘海船运送公司机密文件的任务中，遭到目标为该文件的黑礁商会的伏击。在抢走装有文件的光盘后，黑礁的女枪手莱薇顺手绑架了冈岛绿郎，准备向旭日重工索取赎金。
旭日重工为了掩盖自己进行不正当交易的行为，决定抹杀光盘和冈岛。会社干部景山找来雇佣兵袭击黑礁的鱼雷艇，并在电话中暗示冈岛安心去死。在得知自己被公司抛弃的事实之后，冈岛向黑礁的首领达奇提出建议，帮助他们成功摆脱了危机，随后冈岛改名洛克，加入了黑礁商会，担任会计、精算师、翻译、地理顾问等一系列文职工作，并与达奇、莱薇、贝尼这三名黑礁老成员一起，在罗阿那普拉的黑暗中挣扎求生。
故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉(Roanapur)，那里是黑帮和雇佣兵的天堂。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各大黑帮势力，也包括一些临时出现的散客。任务一般是在海上运送各种各样的“货物”，包括带人跑路。黑礁商会主要的运输工具是一艘军用鱼雷快艇，但鱼雷只在第一话中发射过，他们更多还是习惯于使用手枪、机枪等轻武器。
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