西历2312年，自天人和国联军的宇宙决战已经过去四年。地球联邦政府为了树立新人类乃至于国家的统一和人类的统一，去除联邦正规军之外还组织了独立治安维护部队「A-Laws」。然而其实态却是借着统一的名目对反政府的势力及思想进行非人道的镇压。
为了实现梦想以及守护路易斯的承诺，因而走向宇宙技术着之路的沙慈也不可避免的被卷入联邦政府的改革中。
另一方面，在四年前的最终决战中生还的刹那和天人不断探寻这改变世界未来之路。梦想着有一天达到监视者阿雷哈罗创造出没有战争的和平世界。然而如今他眼中看到的却是在「A-Laws」的镇压下的伪和平以及歪曲的事实。刹那决意与拥有改变世界力量的高达一起再次决斗。
在再次动荡的世界中，刹那和沙慈所前进的道路将会延伸到何处？
在最后，刹那的变革会将人类带向何方？
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