男主角海神航,是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京,正是考试放榜的日子,航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩,一心想着胜利是理所当然的他,却发现榜上没有他的编号!原来是因为选错多项选择的答案了?于是学校考不上,而一直照顾航的管家,亦要离他而去!正当事情达到这样糟糕的时候,突然两神秘人出现,说恭喜航受推荐入读一间神秘学校,而该学校竟在一个神秘的岛上--Promised Island......
航本来万分不愿意,但因毫无选择,只好出发,到了岛上,发现处处透着古怪,除了不断看到貌似管家的老人,扮成不同角色在航的身边出现外,最骇人听闻的是,十二位美丽可爱的女孩,先后出现,还自认是航的妹妹!就是这样,航就在这岛上,和十二个不同性格的“妹妹”住在一起,揭开他人生中最华丽的一页......
同时,另一位叫真深的女孩,冒认是航的第十三位妹妹,混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住,藉以监察航的一举一动,她更时常和一神秘人作电邮通信,他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。