这是189年以前的事了。水蛇座贝塔星——一颗超新星的爆炸放出了大量的贝塔放射线,甚至连远离了20光年的地球也遭受了巨大的伤害。被气体所包裹的绿色宇宙,那就是我所知道的宇宙的颜色。但是,我很想看看,以前的人从地球所看到的过去的宇宙的颜色。所以我要去Stellvia。现在是西历2356年!
由一段主角简短的解说,正文开始了!正如主角自己说的那样,她踏上的宇宙学院stellvia的学习路程。和一般的动漫一样,虽然主角的编程能力超优秀,但是实际操纵能力差到吓死人……让她的实习课老师受够了苦头。但是在剧情发展中……志跳跳不断成长,很快遍超越了所有人。
在受到水蛇座贝塔星的第一次冲击后,地球上的人们协同合作,开始重建自己的家园。可是,人们发现,水蛇座贝塔星还有第二波冲击,将在第一波冲击后190年波及到地球,于是,人们开始在宇宙设立基地,为观测第二波贝塔射线和防止它再次冲击地球。GreatMassion(伟大任务)产成了。宇宙中6个基地同时开放能量立场(有点像GP-03的光线防御),防御冲击,志跳跳作为实习也参加了这次GreatMassion。终于,第二次冲击过去了。可是令人意想不到的事情又来了,隐藏在第二波冲击后的竟然是一条横穿宇宙的黑洞带,直逼地球!