动画《毒蛇信条》的故事发生在 21 世纪，当时由于人类而导致环境恶化、饥荒、病源的蔓延以及气象异常，国际经济也因此出现严重的问题，更招致世界大战的暴发。而在大战结束后分崩离析、失去 以往通讯和交通方式的世界上，拥有重要地理位置的便是名为“Fort Diversity”的地区。
由于各国的企业和公司都快速的集中在 “Fort Diversity”，因此也存在著与当地的住民产生的摩擦、以及许多作乱的市民。而此时任职于维护秩序的民间军事组织“阿尔坎（暂译，アルコン）”中的 “樱子（暂译，サクラコ）”被调入顶尖单位“UNIT?VIPER”，并与“赛奇（暂译，サイキ）”结为搭档，两人联手解决各种冲突事件。
