《星界之战旗第二季》讲述的是帝国历955年，“亚布人类帝国”发动了截断“人类统合体”领域的幻炎作战。星界军在亚布迪克星系迎战人类统合体的反击！以压倒性的优势大败敌军！作战完满结束！在帝国历956年，“亚布人类帝国”再发动了夺取回孤立领域的新作战计划，“狩人作战”计划！
炽烈的亚布迪克的战斗中因为巴斯罗伊鲁遭受到了严重的破坏、由军队给予了再次新生的巴斯罗伊鲁的拉菲尔一行。拉菲尔的新任务就是到已制压住的惑星罗布那斯Ⅱ担任领主代行。
继承亚维王家血统的人、在应该待在战场第一线的气质中长大的拉菲尔有一点点的不满。想办法要安慰的津特、可是他也持有着领主副代行的奇怪立场。
然后、离开平面宇宙到达罗布那斯Ⅱ的巴斯罗伊鲁突然的、被照射了复数的指向性电磁波。那是自称是地上代表的四个人的通信。在这个惑星存在着四个自称代表。行政官梅汀、中央矫正区代表德库夫、西部矫正区香卡鲁、东部矫正区代表安卡森。罗布那斯Ⅱ并没有首相的存在。不只是那样这个惑星、居然是收监流放的犯罪者们的星球。
迎接以强袭输送舰达克赛斯下降到地上的领主副代行的津特的是惑星罗布那斯Ⅱ管理最高责任者行政长官梅汀 。行政厅和犯人们的力量关系崩坏、已经猜想到会有大规模的叛乱发生的梅汀对星界军、要求了大规模的移民计划。就在移民计划暗中的进行中、叛乱终于爆发了。一方、在轨道上守护地上情况的拉菲尔们的身上也有危机迫近。居然敌舰队将通过罗布那斯星系。在逃离的时刻一步一步的逼近当中、津特和梅汀被叛乱者绑架了。然后拉菲尔被迫下痛苦的决心…
