动画片小孤燕讲述的是一个叫蕾米的小女孩，出生就被丢弃，被贫苦的家庭捡到并养育长大，但10岁某天却被养父缺钱卖给戏班子，于是跟着戏班到处做表演。之后虽然渐渐跟戏班的成员相处成一家人，但艰苦的旅途却使得一些成员死去，只剩下猴子和狗跟着蕾米到大城市投靠戏班老板生前的友人。
但取代也仙逝友人的是役使小孩赚钱的恶棍，蕾米跟着其它一群小孩每天都需赚足钱交给他、亦不能逃走，否则是全体连带得受到毒打，但苛苦的命运没使蕾米低头，更以她的开朗使其它孩子重新看到光明还是存在他们幼小黑暗的世界。
就在蕾米跟其它小孩到外地工作的一天，望族家的女仆带著律师来到这个城市，原来蕾米真实身份是望族之女，先前蕾米曾路过望族家中遗落的项链不久前才被发现，项链正是望族从前挂在被人偷抱走女婴身上的那一条，也证实一直以来以为是弃婴的蕾米真实身份。
因此先派了女仆找寻蕾米。利欲薰心的恶棍发现这件事，便软禁蕾米并打算要求高额赎金，好在有发现异状赶回的同伴帮忙蕾米才得以逃脱，最后即跟母亲和做轮椅的弟弟回家过著幸福的日子。
