故事发生的时间是定在199X年之前,巨大的神秘行星拉美图,将会同地球相撞,时间是1999年0时9分9秒,人类将会在那次意外中灭亡,生存机率会是0.1﹪。故事开始是男主角雨深初在回到家的时候开始,正当雨深初正想走到自己家工场时,其父亲大声的说:初仔,不要入来,快些走......就发生大爆炸。一夜之间,雨深初就成为无父无母的孤儿。后来得到其叔父,雨深所长的收留,雨深所长是筑坡山天文台的所长。在那里,雨深初认识了女主角雪野弥生;同时亦得知世界将会遇到可怕的末日危机。
雨深初为了了解其父身亡的原因,郄遇上了自称是千年盗贼的组识,并得知他父亲的意外是和另一组织有关,那就是千年女王。后来,雨深初遇到了千年女王组识的人,并来到地下大洞穴,认识到千年女王的助手,屋村管理人,女王墓地的守护者,当然还有千年女王~雪野弥生。
雨深初明白其父的意外,是为了解救人类的希望的神秘能源发生的爆炸;并不是和千年女王有关。同时雨深初亦明白其父的意愿,也有著父亲的遗愿,尽自己的一点力,联合千年盗贼和千年女王的两大组织合同解救人类的未来;但是千年女王的助手并不赞成这样,从中作梗,还联略了拉美图的皇后,派出了巨大的战舰舰队,还有新的千年女王到来。
在千年女王的继任人选之战中,雪野弥生成为了新任的千年女王。同时千年盗贼也和巨大的战舰舰队决战,还得到千年女王的帮助,将巨大的战舰舰队消灭,但舰队的总指挥郄暗中的逃到地球,并且联略上千年女王的助手,收集千年女王~雪野弥生的种种罪证。而且从中破坏千年盗贼和千年女王合作的事儿。
经过无数次的联络,千年盗贼和千年女王终得到互相的信任,而且解决了舰队的总指挥;但千年女王的助手郄给逃掉,成为日後的一个恶果。后来千年女王去到自己的故乡拉美图或星,请求皇后救救地球人,但拉美图皇后也无能为力,不是她不想救地球人,而是身为拉美图的统治者,对自己的子民也要顾及他们;而且这是宇宙自然的定律,她也无法帮助。最后千年女王只有和地球的千年盗贼他们一同想办法去救地球人。
时间越来越逼近,地球上自私的人类开始为离开地球的太空船而产生争夺战,而逃离的人也因意外而死亡,原本准备好的方法,也因自私的地球人,而变成不可行,而且在过程中,更发现了人类自以为是的阶级观念。虽然人类是如此这般的令人无法去解救他们,但并不是所有人都是这样。在或星拉美图的来临时,气象发生了变化,但人们努力地去自救,这让雨深初明白人类并不是全都是无可救药,亦令到千年女王积极的去找办法。
最後经过多番努力,超巨型的太空母舰完成了,而同时地下的巨大洞穴内的建筑物可以容立大部份的地球人,但是生存的机率只是增加到1﹪。而千年盗贼亦去到拉美图或星告诉皇后,其女儿为人类所付出的爱心,而千年盗贼\对於有这样一个妹妹,觉得是天大的一个鼓励,千年盗贼就是千年女王的姊姊。
末日的日子来临,千年女王坐著超巨型的太空母舰走到拉美图或星前,将本身天生的超自然力量发挥出来,令到两星球没有撞上,但千年女王郄因动用了过大的力量,消失於太空中。而这故事就成为雨深初的一个千年女王的传说,也是人类的一个千年女王的传说。
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