白陵大学附属柊学园3年级学生的“鸣海孝之”是将要参加考试的学生，但是还没有决定今后的方向。他的好友“平慎二”和“速瀬水月”都向着各自的目标前进，看见这两个人孝之有些感到焦虑，但还是过着冗长的每一天。一天，陪着慎二到书店的孝之遇到了同年级的内向的女孩子。
后来，孝之和慎二被叫到了夏季祭奠，在那里遇见的是水月的好朋友“凉宫遥”。水月尽全力地想将瑶加入到3人之中，但瑶似乎想避开孝之在那之后过了几天，孝之被水月叫到了学园的山丘，但是在那里遇到的不是水月而是瑶。突然，瑶向孝之告白了，为了不伤害到瑶，孝之接受了告白。然后，命运的齿轮开始转动……
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