在《光明之心》的故事背景方面，描述在主角意外来到的温达利亚岛上，有着各式各样的居民们过着和平的生活，而主角也在这样的环境下，跟在面包店打工的女主角一起生活着。附带一提，在一开始，玩家们可以从魔法使亚蜜儿（Amyl）、猎人妮莉丝（Nerys）跟修女艾雅莉（Airy）三名女主角当中任选其一。
在某个暴风雨经过的早晨，在海边出现一名被海浪打上岸的少女。少女除了自己的名字辉夜之外，不但失去其他的记忆，就连感情也都一并丧失。随着主角们的努力与治疗，加上跟村民们不断的心灵融合，终于使得少女的心灵与身体逐渐回复。随着少女每次取回新的感情，在少女胸口项链的“精灵石”就会不断诞生新的“心之键”，那是通往新世界的钥匙，同时也将带领玩家们在更宽广的舞台上展开全新的冒险故事……
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