尽管依靠Kivat Bat Ⅲ世赐予的牙之铠甲力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与FANGIRE战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲－－红音也已经从那时开始与猖獗的FANGIRE战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前－－年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前－－紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fangire不断繁衍，并出现在现代的日本， 而在1986年没被消灭的Fangire留到了2008年消灭。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。
然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么FANGIRE的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将FANGIRE Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店“Coffee Mall Damour”的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…？！
故事关于主角红渡与父亲红音也两个世代的人的故事，播放形式从1986及2008年间穿梭，给观众一种全新体验。值得一提，这次Kiva同样具有四种不同的初始形态(包括吸血鬼，狼人，半鱼人及科学怪人)。而且今次的变身腰带罕有地是主角的拍挡。腰带附有六个笛子。分别可令Kiva使出必杀技（Wake Up Fuestle），转换型态（Garulu Saber Fuestle、Basshaa Fuestle和Dogga Fuestle），召唤城堡（Doran Fuestle）及强化电单车（Buroon Fuestle）。另一名和Kiva相对的假面骑士IXA的腰带亦附有六个笛子的晶片，不但有着抢夺Kiva武器（Garulu Fake Fuestle、Basshaa Fake Fuestle和Dogga Fake Fuestle）的能力，更可令IXA使出必杀技（Knuckle Fuestle和Calibur Fuestle）及召唤机械兽（Powerd Fuestle）。而今次Kiva要面对的敌人是以活人的生命能量为食粮的Fangire。他们出现的原因未明，但可能与女主角麻生友里所说的一样，让Fangire生存于世上，是神的一个错误。
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