机甲武士剑全集讲述的是战国乱世之时。在一群被叫作机关人的机器人型超级人类（机械生命体）和人类共同生活的吉本国中、因为群雄割据而不断发生战乱、而机关武者们也以胜利和光荣为目标彼此展开较劲。在这些机关人中有1位出生在中国地方的山区・冈山里的宫本村的武藏，他不但是一位单纯天真的孩子王也立志要成为第一名的武者、于是他离开村子展开修行之旅。在这趟旅程中，武藏除了遇到宿敌小次郎，也遇到各式各样的机关人剑豪、英雄及坏人、和他们的战斗不但让武藏交到许多朋友，也让他随着每此的战斗而逐渐成长为一名真正的剑豪。
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