天空断罪全集故事发生在大约是在2010年初秋的时候。下午6时左右，东京湾上空突然出现了不明生命体并且以时速20KM的速度向着涩谷区上空移动。怪物的形态象墨鱼，身长272M，容易让人认为是海里产生的生命体，防卫厅向接受委托任务的民间特殊部队‘Altamira代理部’下达了军事出动的命令。
天空断罪全集主人公船贝乙夜从正在进行机器人操纵训练的少女们中间挑选着能够完成任务的人选。为了这次即将到来的战役，她们正暗中接受着训练。然后，她们将被告之去迎接这场迫在眉睫而结果未知的战斗。为了能够打败敌人，即使是由于遥控操纵而牺牲了被称为“战斗之英”的小型机器人也在所不惜。她们并不是有血有肉的人类，而是作为活炸弹存在的特殊机器人。一场以自己的生命为赌注与未知生命体的战斗就要开始了。
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