《学园默示录》讲述小室孝（诹访部顺一 配音）就读于私立藤美学园高中午2年级，这一日，他正享受着校园悠闲而平静的生活，突然间，一个异物的闯入令学校成为了上演着鲜血和惨剧的舞台。一种被称之为死体的怪物包围了校园，它们狂暴嗜血，且拥有不可摧毁的肉体。通过好友井豪永（宫野真守 配音）的牺牲， 小室孝吃惊的发现，所有被这些怪物咬伤或咬死的人们，都将面临变异为死体的命运，而消灭它们的唯一方法，即是破坏它们的头部。 为了争取生存的权利，为了保护所爱的人，小室孝不得不拿起武器开始战斗。亲梅竹马宫本丽（井上麻里奈 配音），剑道高手毒岛冴子（泽城美雪 配音），外表坚强内心脆弱的大小姐高城沙耶（喜多村英梨 配音），这些昔日的同学现今的战友，他们能够顺利的抵达安全地带吗？
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